การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการและสายวิวัฒนาการ
การวิเคราะห์เพื่อหาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการด้วยการคำนวณ ผ่านการศึกษาความหลากหลายทางชาติพันธุ์เชิงโมเลกุล (molecular phylogenetics) จีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenomics) และวิวัฒนาการระดับโมเลกุล (molecular evolution)
ภาพรวม
ชีวสารสนเทศเชิงวิวัฒนาการใช้ข้อมูลลำดับสารชีวโมเลกุลเพื่อสร้างประวัติความเป็นมาของสิ่งมีชีวิต ทำความเข้าใจการวิวัฒนาการของยีน และวิเคราะห์สืบย้อนลักษณะของบรรพบุรุษ วิธีการเหล่านี้เป็นพื้นฐานของจีโนมิกส์เปรียบเทียบ ระบาดวิทยาไวรัส และการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพ
หัวข้อหลัก
- วิธีการเปรียบเทียบจัดเรียงลำดับหลายลำดับพร้อมกัน (multiple sequence alignment)
- การสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenetic tree) แบบ maximum likelihood และ Bayesian
- แบบจำลองนาฬิกาโมเลกุล (molecular clock models)
- จีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenomics)
- การวิเคราะห์หาการคัดเลือกเชิงบวก (positive selection)
- พันธุศาสตร์ประชากรและการวิเคราะห์ข้อมูลประชากรศาสตร์เชิงประวัติ
การประยุกต์ใช้
- การติดตามการระบาดของไวรัสและระบาดวิทยา
- ชีววิทยาการอนุรักษ์และความหลากหลายทางชีวภาพ
- วิวัฒนาการด้านหน้าที่การทำงานของโปรตีน
- วิวัฒนาการร่วมระหว่างโฮสต์และเชื้อก่อโรค (host-pathogen co-evolution)