การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการและสายวิวัฒนาการ

การวิเคราะห์เพื่อหาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการด้วยการคำนวณ ผ่านการศึกษาความหลากหลายทางชาติพันธุ์เชิงโมเลกุล (molecular phylogenetics) จีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenomics) และวิวัฒนาการระดับโมเลกุล (molecular evolution)

การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการและสายวิวัฒนาการ

ภาพรวม

ชีวสารสนเทศเชิงวิวัฒนาการใช้ข้อมูลลำดับสารชีวโมเลกุลเพื่อสร้างประวัติความเป็นมาของสิ่งมีชีวิต ทำความเข้าใจการวิวัฒนาการของยีน และวิเคราะห์สืบย้อนลักษณะของบรรพบุรุษ วิธีการเหล่านี้เป็นพื้นฐานของจีโนมิกส์เปรียบเทียบ ระบาดวิทยาไวรัส และการศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพ

หัวข้อหลัก

  • วิธีการเปรียบเทียบจัดเรียงลำดับหลายลำดับพร้อมกัน (multiple sequence alignment)
  • การสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenetic tree) แบบ maximum likelihood และ Bayesian
  • แบบจำลองนาฬิกาโมเลกุล (molecular clock models)
  • จีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการ (phylogenomics)
  • การวิเคราะห์หาการคัดเลือกเชิงบวก (positive selection)
  • พันธุศาสตร์ประชากรและการวิเคราะห์ข้อมูลประชากรศาสตร์เชิงประวัติ

การประยุกต์ใช้

  • การติดตามการระบาดของไวรัสและระบาดวิทยา
  • ชีววิทยาการอนุรักษ์และความหลากหลายทางชีวภาพ
  • วิวัฒนาการด้านหน้าที่การทำงานของโปรตีน
  • วิวัฒนาการร่วมระหว่างโฮสต์และเชื้อก่อโรค (host-pathogen co-evolution)