โอมิกส์เซลล์เดี่ยวและการบูรณาการหลายโอมิกส์

ภาพรวม

เทคโนโลยีวิเคราะห์ระดับเซลล์เดี่ยว (single-cell technology) พลิกโฉมการศึกษาชีววิทยาด้วยการตรวจวัดระดับการแสดงออกของยีน การเข้าถึงโครมาทิน (chromatin accessibility) และคุณสมบัติระดับโมเลกุลในเซลล์แต่ละเซลล์เดี่ยว การวิเคราะห์เชิงคำนวณจึงสำคัญมากในการถอดรหัสความรู้ทางชีววิทยาจากข้อมูลมิติตัวแปรสูงที่มีความกระจัดกระจาย (sparse) เหล่านี้

หัวข้อหลัก

• การควบคุมคุณภาพ การปรับข้อมูลเป็นมาตรฐาน (normalization) และการจัดกลุ่มเซลล์ (clustering) จาก scRNA-seq
• การระบุประเภทของเซลล์และการบ่งชี้มาร์กเกอร์ยีน (marker gene identification)
• การวิเคราะห์ลำดับเวลาเสมือน (pseudotime) และวิถีพัฒนาการของเซลล์
• การวิเคราะห์สืบหาความสัมพันธ์ระหว่างเซลล์ (cell-cell communication)
• การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมเชิงพื้นที่ (spatial transcriptomics)
• การบูรณาการข้อมูลเซลล์เดี่ยวหลากมิติ (single-cell multi-modal เช่น CITE-seq, ATAC-seq)

การประยุกต์ใช้

• การจำแนกลักษณะเฉพาะของสภาวะแวดล้อมจุลภาคในก้อนเนื้องอก (tumor microenvironment)
• ชีววิทยาการเจริญเติบโตและการติดตามลำดับสายวิวัฒนาการเซลล์ (lineage tracing)
• การศึกษาโปรไฟล์เซลล์ภูมิคุ้มกัน (immune profiling)
• ศึกษาความหลากหลายของเซลล์ที่มีต่อการตอบสนองของยา