ไมโครไบโอมและเมตาจีโนมิกส์

ภาพรวม

เมตาจีโนมิกส์ช่วยให้สามารถศึกษาข้อมูลทางพันธุกรรมของกลุ่มประชากรจุลินทรีย์ทั้งหมดได้พร้อมกันโดยไม่ต้องนำมาเพาะเลี้ยงแยกในห้องปฏิบัติการ สาขาวิจัยนี้ครอบคลุมขั้นตอนการคำนวณและวิธีการทางสถิติที่จำเป็นสำหรับการจัดจำแนกชนิด ความหลากหลาย และหน้าที่การทำงานของจุลินทรีย์

หัวข้อหลัก

• การหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rRNA amplicon และการวิเคราะห์ความหลากหลายด้วยวิธี OTU/ASV
• การหาลำดับนิวคลีโอไทด์แบบ whole-metagenome shotgun
• ดัชนีความหลากหลายไมโครไบโอม (alpha/beta diversity)
• การวิเคราะห์โปรไฟล์หน้าที่ของยีนและวิถีชีวเคมี
• การวิเคราะห์อันตรกิริยาระหว่างโฮสต์และกลุ่มประชากรจุลินทรีย์ (host-microbiome interaction)
• การประกอบจีโนมจุลินทรีย์รวม (metagenome assembly) จากเทคโนโลยีการอ่านสายยาว (long-read sequencing)

การประยุกต์ใช้

• ไมโครไบโอมในลำไส้และสุขภาพมนุษย์
• การติดตามและตรวจสอบสภาพสิ่งแวดล้อม
• ระบาดวิทยาโรคติดเชื้อ
• การศึกษาไมโครไบโอมในดินเพื่อการเกษตร